Centrum wydarzeń festiwalowych było zlokalizowane na płycie Rynku Głównego w Krakowie, gdzie powstało "Festiwalowe Miasteczko Naukowe" oraz na terenie Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego.

Uczniowie LO im. ONZ w Biłgoraju, wspólnie z młodzieżą z innych szkół z całej Polski, mieli możliwość zwiedzania laboratoriów i pracowni naukowych, uczestniczenia w wykładach, prezentacjach i warsztatach. Ogromnym zainteresowaniem cieszyły się symulatory lotów, pokazy robotów, eksperymenty fizyczne i chemiczne, pokazy geologiczne i przyrodnicze. Młodzież mogła obejrzeć ciekawe wystawy i zapoznać się z pracą naukową krakowskich uczelni wyższych.

Idea Festiwalu zrodziła się na Uniwersytecie Jagiellońskim, podczas przygotowań do obchodów 600-lecia Odnowienia Akademii Krakowskiej. Uniwersytet Jagielloński był głównym organizatorem przedsięwzięcia w latach 2000-2004. W kolejnych latach za organizację festiwalu odpowiadały: Akademia Górniczo-Hutnicza im. Stanisława Staszica, Politechnika Krakowska im. Tadeusza Kościuszki, Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie. W maju 2015 r. Festiwal Nauki w Krakowie odbywał się - po raz pierwszy - pod przewodnictwem organizacyjnym Uniwersytetu Pedagogicznego im. Komisji Edukacji Narodowej w Krakowie.